Dal 1819 al 1844, per circa 26 anni, non abbiamo notizie ove fosse ubicata la Privata Società Medico- Chirurgica. I primi anni di vita del sodalizio scientifico, furono certamente operosi e fattivi tanto da ottenere in un quarto di secolo il riconoscimento dello Stato e il titolo di Reale Accademia di Medicina e Chirurgia, furono presto dimenticati dai soci. L’anziano Presidente dell’Accademia di Medicina Telesforo Pasero, infatti, nel discorso di inaugurazione della nuova sede di Palazzo Madama nel marzo del 1866, ricorda che la primitiva sede della Società era presso una “…casa appigionata a costo dei singoli Soci di essa…”. Non fornisce ulteriori precisazioni sull’ubicazione e sull’ampiezza dei locali, sebbene certamente ne avesse ben chiaro il ricordo in quanto egli fu uno dei 14 soci fondatori.
Assai probabilmente dal 1842 quando la Società Medico-Chirurgica ricevette il riconoscimento sovrano,la sovvenzione statale, e la possibilità di tenere riunioni aperte al pubblico, trovò una nuova sede in due locali al piano terreno sotto i portici della Via di Po presso il Convento dei Frati Minimi di San Francesco da Paola. Le due sedute pubbliche annuali avvenivano nell’anfiteatro di chimica, costruito nel cortile del convento nel 1835 e che verrà demolito nel 1929. L’ingresso nei locali avveniva dal lato del portico del chiostro. La presenza della Società in questi locali è testimoniata anche dalle indicazioni riportate nel “Calendario pe’ Regii Stati – 1843 – Stamperia Sociale degli artisti tipografi.
Con il trasferimento della capitale da Torino a Firenze, si resero liberi molti spazi occupati in precedenza da uffici governativi. L’Accademia di Medicina ebbe così una sistemazione più decorosa presso i locali della biblioteca del Senato al piano rialzato dell’ala di mezzogiorno a Palazzo Madama su di un’area di circa 300 metri quadrati.
La maggior richiesta e necessità di spazio era anche giustificata dalla continua espansione della biblioteca che contava ormai parecchie migliaia di volumi, fra cui preziosi manoscritti e libri riccamente illustrati.
Con il passare degli anni anche nella prestigiosa sede di Palazzo Madama incominciò a mancare lo spazio. Due soprattutto le lamentele degli accademici: la continua crescita della biblioteca e i locali insufficienti a contenere le riunioni ebdomadarie che richiamavano un numeroso pubblico interessato e attento.
Finalmente il 30 giugno 1893 l’On. Federico Martini, ministro dell’Istruzione Pubblica, con nota n° 7195-7872, in seguito a voto favorevole del Consiglio dell’Accademia, concesse a questa Istituzione i locali dell’ex convento di San Francesco da Paola, occupati in precedenza da alcuni Istituti Universitari tra cui quello di Fisiologia diretto da Moleschot, quello di Chimica, di Medicina Legale guidato da Cesare Lombroso.
L’Amministrazione dell’Accademia procedette con sollecitudine all’adattamento dei locali trasformandoli per il nuovo uso cui attualmente sono destinati, e vi fece in tempi rapidi il trasloco della biblioteca dalla vecchia sede di Palazzo Madama; il 10 dicembre 1893 il Socio anziano Prof. Gamba, in adunanza pubblica con una lettura sulla storia dell’Istituzione inaugurava la nuova sede dell’Accademia.
Furono costruite due sale di lettura, una per il pubblico, l’altra per i soci,. Venne ricavata la grande aula delle adunanze; fu costruita una scala interna che dalla biblioteca del primo piano dava accesso ai locali del piano superiore ove, tra gli altri vani destinati a biblioteca e a Museo Craniologico, era ricavato una bella foresteria.